São Ruperto era um nobre descendente dos condes que dominavam a região do médio e do alto Reno e recebeu sua formação junto aos monges irlandeses.

No ano 700, sua vocação de pregador se manifestou e ele dirigiu-se à Baviera, na Alemanha, com este intuito. Com o apoio do conde Téodo da Baviera, que era pagão e foi convertido por ele, fundou uma igreja dedicada a São Pedro, perto do lago Waller. Mas, o local não condizia ainda com os objetivos de São Ruperto, que conseguiu do conde outro terreno, próximo do rio Salzach, nos arredores da antiga cidade romana de Juvavum.

Nesse terreno, São Ruperto construiu o mais antigo mosteiro da Áustria, o qual veio a ser justamente o núcleo de formação da nova cidade de Salzburgo. Teve para isso o apoio de doze concidadãos, dois dos quais também se tornaram santos: Cunialdo e Gislero. Fundou, ao lado deste, um mosteiro feminino, que entregou a direção para sua sobrinha, a abadessa Erentrudes. Foi o responsável pela conversão total da Baviera.

Morreu no dia 27 de março de 718, um domingo de Páscoa, depois de rezar a missa, no mosteiro de Juvavum. Antes, como percebera que a morte estava próxima, fez algumas recomendações e pedido de orações à sua sobrinha, e irmã espiritual, Erentrudes. Suas relíquias são veneradas na catedral de Salzburgo. Ele é o padroeiro de seus habitantes e de suas minas de sal.