São João de Brito nasceu em Lisboa, no dia 1º de março de 1647. Seu pai, Dom Salvador de Brito Pereira, foi governador-geral do Brasil, no tempo do Infante Dom João IV.

Educado na corte portuguesa, seu coração nutria sempre o desejo de oferecer a Deus uma vida mais perfeita, pela observação dos conselhos evangélicos. Era contado entre os pajens do Infante D. Pedro. Aos 15 anos, ingressa na Companhia de Jesus (1662) e em 1673 foi ordenado sacerdote.

Pouco tempo depois de sua ordenação foi enviado, com 27 confrades, para as Índias. Chegou ao porto de Goa após perigosa navegação e foi designado para a missão do Maduré. Aí conseguiu converter populações inteiras de pagãos, recebeu o governo de toda a missão e não temeu expor-se aos maiores perigos para levar o Evangelho a toda parte. Perseguido pelos brâmanes, que constituíam a primeira das quatro castas, regime aí mais rígido do que em qualquer outra parte da Índia, acabou por cair nas mãos deles; opositores do cristianismo, os brâmanes, soberbos pelo nascimento e posição, mestres do povo, depositários da ciência e sustentáculo da vida religiosa, viam naturalmente na nova religião proclamada uma ameaça à sua influência.

Quando foi libertado, retornou à Europa para tratar das missões na Índia. Mas voltou rapidamente a Marava, em 1691. A 8 de janeiro de 1693 foi preso novamente por uma tropa de soldados. Levado à presença do príncipe de Marava, foi condenado à morte por pregar uma doutrina religiosa estranha em seus domínios. Foi enviado depois a Urgur, onde se consumou seu martírio, no dia 4 de fevereiro de 1693.

A notícia de seu martírio inflamou o zelo dos missionários, firmou a fé dos neófitos, converteu grande número de pessoas. Em 17 de fevereiro de 1853 foi inscrito no elenco dos Bem-aventurados pelo Papa Pio IX. Em 27 de junho de 1947 foi canonizado pelo Sumo Pontífice Pio XII.