Nasceu em Verdu, na Catalunha, Espanha, em 1580. Desejando os piedosos pais consagrar o filho ao serviço do altar, enviaram Pedro à Salsona para estudar os primeiros elementos da gramática. Com 21 anos, ingressou na Companhia de Jesus, em Barcelona. Era devotíssimo da Virgem Maria e um profundo adorador de Jesus Eucarístico. Após os estudos, foi ordenado sacerdote e enviado como missionário à Cartagena, porto da Colômbia, onde viveu seu apostolado entre os escravos por mais de quarenta anos.

Em Cartagena estava diante de um dos três portos negreiros da América Espanhola, onde a cada ano chegavam de 12 a 14 navios carregados de escravos.

Os escravos trazidos ou roubados da África ficavam durante a viagem nos porões escuros do navio, que não tinham condições para abrigar seres humanos. Eram tratados com menos cuidado do que os animais selvagens, e por fim os que não morriam, eram vendidos.

Durante mais de quarenta anos, a vida de São Pedro Claver foi servir àqueles escravos, cuidando deles, do físico ao espiritual. Fazia de tudo para evangelizar um por um. Por suas mãos 40 mil negros foram batizados.

No dia 3 de abril de 1622, São Pedro Claver acrescentou aos votos religiosos de sua profissão mais um voto: o de gastar a vida inteira ao serviço dos negros escravos. Testificando este voto, escreveu de próprio punho: “escravo dos negros para sempre”.

Vítima da caridade, acabou morrendo na Colômbia, em 8 de setembro de 1654, com 74 anos de idade e 52 anos de vida religiosa, quando ao socorrer o Cristo excluído e chagado, pegou uma terrível peste.

Foi declarado pelo Papa São Pio X especial patrono de todas as missões entre os negros.