Nasceu no castelo de Rostkow, na Vila de Prasnitz, Polônia, a 28 de outubro de 1550, na nobre e influente família dos Kostka, a qual possuía uma sólida vida de piedade.

Quando tinha 14 anos, após uma breve permanência em Czestochowa, chegou a Viena e ficou hospedado em um Colégio da Companhia de Jesus. Ele estava acompanhado pelo seu tutor e o irmão mais velho, Paulo. No entanto, a convivência tornou-se logo difícil, por causa das inclinações mundanas do seu irmão, que se opunham ao estilo sóbrio de Estanislau, que sentia “ter nascido para coisas maiores”.

Diante da pressão sofrida, a saúde de Estanislau cedeu, e ao pedir que providenciassem um sacerdote para que pudesse comungar o Corpo de Cristo, mas, não a pode receber porque, junto com seu irmão e o tutor, teve que se transferir para um apartamento alugado, por causa da requisição do Colégio dos Jesuítas, por parte dos Habsburgos. O dono do apartamento era luterano e não gostava dos católicos. Então à noite Santa Bárbara apareceu-lhe, na companhia de anjos, portando Jesus Eucarístico.

Em outra noite, Estanislau recebeu a visita de Nossa Senhora com o Menino no colo: ao pegá-Lo em seus braços, ficou completamente curado. Ao despedir-se, a Virgem revelou-lhe que seu destino era na Companhia de Jesus.

Depois desse fato o jovem discerniu sua vocação à vida religiosa como Jesuíta. Estanislau estava ciente da sua escolha, mas sabia que seu pai jamais a aprovaria. Então, fugiu e, após vinte dias de caminho a pé, chegou a Dillingen, na Alemanha, onde foi acolhido na casa dos Jesuítas. Acolhido pelo Provincial que o ouviu e se encantou com sua história. Viveu apenas 9 meses no Noviciado, porque adquiriu uma misteriosa febre e antes de morrer os sacerdotes ouviram dos seus lábios sorridentes dizerem: “Maria veio buscar-me, acompanhada de virgens para me levar consigo”. Era o dia 15 de agosto de 1568.

Foi proclamado Santo pelo Papa Bento XIII, em 1726, e escolhido como Padroeiro dos Noviços e de toda a Juventude.