Nasceu perto de Ávila, em Fontiveros, Espanha, no ano de 1542. Filho de tecelões, ingressou na Ordem dos Carmelitas aos 20 anos, numa época em que estava relaxadíssima a vida regular da ordem.

Em Salamanca estudou artes e teologia, onde foi prefeito dos estudantes. Ordenado sacerdote em 1567 – época em que se encontrou com Santa Teresa de Jesus, São João da Cruz sentiu-se entusiasmado com as propostas dos “conventos reformados” dentro da Ordem, reconduzindo o Carmelo à primitiva observância.

Tornou-se, então, o pioneiro da reforma carmelitana masculina. Fundou em Durvelo o primeiro convento dos Carmelitas Descalços. Incompreendido e perseguido por muitos que se opunham à reforma, São João da Cruz sofreu até maus-tratos e agressões físicas, passando 8 meses prisioneiro num convento adverso à reforma.

Ao lado de Santa Teresa de Jesus, São João da Cruz se projetou como um dos mais importantes místicos católicos, cujo itinerário espiritual continua sendo seguido por numerosos discípulos. As suas principais obras de espiritualidade são: A subida do Monte Carmelo, Noite escura da alma e Chama de amor vivo. Ele vê a essência da Igreja em sua união vital com Cristo, plenamente integrada com a existência humana concreta. Cristo está sempre presente e ativo na Igreja.

Morreu em 1591, aos quarenta e nove anos. Foi canonizado em 1726, dois séculos depois o Papa Pio XI lhe conferiu o título de Doutor da Igreja.