Nasceu em 1474, em Cuauhtitlán, México. Era um indígena pobre, pertencia à mais baixa casta do Império Azteca, sem ser, entretanto, um escravo. Dedicava-se ao difícil trabalho no campo e à fabricação de esteiras.

Atraído pela doutrina dos Freis Franciscanos que chegaram ao México em 1524, se converteu e foi batizado, junto como sua esposa, a qual faleceu em 1529.

Durante uma de suas idas à igreja, no dia 9 de dezembro de 1531, entre a vila e a montanha, ocorreu a primeira aparição de Nossa Senhora de Guadalupe, num lugar hoje chamado Capela do Cerrinho, onde a Virgem Maria o chamou em sua língua nativa, nahuatl, dizendo: “Joãozinho, João Dieguito, o mais humilde de meus filhos, meu filho caçula, meu queridinho”.

A Virgem o encarregou de pedir ao bispo, o Franciscano Dom João de Zumárraga, para construir uma igreja no lugar da aparição. Como o bispo não se convenceu, ela sugeriu que João Diego insistisse. No dia seguinte, domingo, voltou a falar com o bispo, que pediu provas concretas sobre a aparição.

Na terça-feira, 12 de dezembro, João Diego estava indo à cidade quando a Virgem apareceu e o consolou. Em seguida, pediu que ele colhesse flores para ela no alto da colina de Tepeyac. Apesar do frio inverno, ele encontrou lindas flores, que colheu, colocou no seu manto e levou para Nossa Senhora. Ela disse que as entregasse ao bispo como prova da aparição. Diante do bispo, João Diego abriu sua túnica, as flores caíram e no tecido apareceu impressa a imagem de Nossa Senhora de Guadalupe.

Após o milagre de Guadalupe, foi morar numa sala ao lado da capela que acolheu a sagrada imagem, depois de ter passado seus negócios e propriedades ao seu tio. Dedicou o resto de sua vida propagando as aparições aos seus conterrâneos nativos, que se convertiam. Ele amou, profundamente, a santa Eucaristia, e obteve uma especial permissão do bispo para receber a comunhão três vezes na semana.

João Diego faleceu no dia 30 de maio de 1548. Foi canonizado em 2002.